Para garantir o seu lugar neste Mundial o Japão disputou a AFC (Asian Football Confederation), tendo na 1ª fase contra selecções sem história no mundo do futebol como são o Bahrain a Omã e a Tailândia vencido facilmente o grupo 2 atingindo a bela marca de 12 golos marcados e 3 sofridos nos 6 jogos do grupo dos quais ganhou 4.
A 2ª fase do apuramento não correu tão bem quanto a primeira pois a selecção japonesa quedou-se pelo segundo posto logo atrás da Austrália, talvez devido a aumento da qualidade dos adversários o Japão reduziu bastante a sua quantidade de golos marcados, apenas 11 nos 8 jogos disputados, tendo de qualquer das formas levado de vencido 4 jogos nesta fase.
Confira abaixo os resultados e a classificação final do Japão na Fase de Apuramento:
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Fase Qualificação – 1ª Fase Grupo 2 AFC
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| Data | Jogo | ||
| 06/02/08 |  |
Japão 4-1 Tailândia |  |
| 26/03/08 |  |
Bahrain 1-0 Japão | |
| 02/06/08 | |
Japão 3-0 Omã |  |
| 07/06/08 | |
Omã 1-1 Japão | |
| 14/06/08 | |
Tailândia 0-3 Japão | |
| 22/06/08 | |
Japão 1-0 Bahrain | |
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Fase Qualificação – 1ª Fase Grupo 2 AFC
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| J | V | E | D | GM | GS | P | |
| Japão |
6 | 4 | 1 | 1 | 12 | 3 | 13 |
| Bahrain |
6 | 3 | 2 | 1 | 7 | 5 | 11 |
| Omã |
6 | 2 | 2 | 2 | 5 | 7 | 8 |
| Tailândia |
6 | 0 | 1 | 5 | 5 | 14 | 1 |
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Fase Qualificação – 2ª Fase Grupo A AFC
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| Data | Jogo | ||
| 06/09/08 | |
Bahrain 2-3 Japão | |
| 15/10/08 | |
Japão 1-1 Uzbequistão |  |
| 19/11/08 |  |
Qatar 0-3 Japão | |
| 11/02/09 | |
Japão 0-0 Austrália |  |
| 28/03/09 | |
Japão 1-0 Bahrain | |
| 06/06/09 | |
Uzbequistão 0-1 Japão | |
| 10/06/09 | |
Japão 1-1 Qatar | |
| 17/06/09 | |
Austrália 2-1 Japão | |
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Fase Qualificação – 2ª Fase Grupo A AFC
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| J | V | E | D | GM | GS | P | |
| Austrália |
8 | 6 | 2 | 0 | 12 | 1 | 20 |
| Japão |
8 | 4 | 3 | 1 | 11 | 6 | 15 |
| Bahrain |
8 | 3 | 1 | 4 | 6 | 8 | 10 |
| Qatar |
8 | 1 | 3 | 4 | 5 | 14 | 6 |
| Uzbequistão |
8 | 1 | 1 | 6 | 5 | 10 | 4 |
